Theo đó, Ban chỉ đạo có chức năng tham mưu, tư vấn và giúp Chủ tịch UBND tỉnh chỉ đạo triển khai và kiểm tra việc thực hiện công tác bảo đảm an toàn thực phẩm trên địa bàn tỉnh. Ban chỉ đạo được sử dụng con dấu của UBND tỉnh khi Trưởng ban, Phó Trưởng ban thứ nhất ký và sử dụng con dấu của Sở Y tế khi Phó Trưởng ban thường trực ký các văn bản liên quan đến hoạt động; các thành viên Ban chỉ đạo làm việc theo chế độ kiêm nhiệm.

Ban chỉ đạo có nhiệm vụ: Tham mưu, đề xuất UBND tỉnh trong việc thực hiện quản lý nhà nước về an toàn thực phẩm trên địa bàn tỉnh; tổ chức triển khai các hoạt động bảo đảm an toàn thực phẩm trên địa bàn tỉnh theo chỉ đạo của UBND tỉnh, Ban chỉ đạo liên ngành về vệ sinh an toàn thực phẩm Trung ương và các Bộ, ngành liên quan; giúp UBND tỉnh kiểm tra, giám sát, theo dõi, đôn đốc việc thực hiện công tác bảo đảm an toàn thực phẩm của các sở, ngành, đơn vị, địa phương và Ban chỉ đạo liên ngành an toàn thực phẩm các huyện, thành phố.

Về chế độ làm việc, Ban chỉ đạo họp định kỳ 06 tháng một lần, trường hợp cần thiết Trưởng ban, Phó Trưởng ban thứ nhất hoặc Phó Trưởng ban thường trực có thể triệu tập họp bất thường hoặc họp một số thành viên có liên quan và quyết định mời thêm các cơ quan, đơn vị không thuộc Ban chỉ đạo tham dự; các phiên họp của Ban chỉ đạo phải được thông báo bằng văn bản về nội dung, thời gian và địa điểm trước 05 ngày làm việc, các thành viên Ban chỉ đạo và đại biểu được mời dự các phiên họp có trách nhiệm nghiên cứu văn bản, chuẩn bị ý kiến thảo luận; Kết luận của Trưởng ban, Phó Trưởng ban thứ nhất được thể hiện bằng thông báo của Văn phòng UBND tỉnh, kết luận của Phó Trưởng ban thường trực (trong trường hợp được Trưởng ban ủy quyền chủ trì cuộc họp) được thể hiện bằng thông báo của Sở Y tế - Cơ quan thường trực Ban chỉ đạo.

Quy chế quy định cụ thể nhiệm vụ của Trưởng Ban chỉ đạo - Chủ tịch UBND tỉnh, Phó Trưởng ban thứ nhất - Phó Chủ tịch UBND tỉnh phụ trách ngành, Phó Trưởng ban thường trực - Giám đốc Sở Y tế, các Phó Trưởng ban là Giám đốc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Sở Công Thương và các Ủy viên Ban chỉ đạo...

Ban chỉ đạo liên ngành an toàn thực phẩm tỉnh Kon Tum được kiện toàn tại Quyết định số 744/QĐ-UBND ngày 11/7/2016 của UBND tỉnh Kon Tum, do  Chủ tịch UBND tỉnh làm Trưởng Ban, Phó Chủ tịch UBND tỉnh phụ trách khối làm Phó Trưởng ban thứ nhất, Giám đốc Sở Y tế làm Phó Trưởng ban thường trực, Sở Y tế là cơ quan thường trực của Ban chỉ đạo.