Tại Quyết định số 419/QĐ-UBND ngày 19/8/2016 của Chủ tịch UBND tỉnh: Thành lập Chi cục Chăn nuôi và Thú y trên cơ sở tổ chức lại Chi cục Thú y trực thuộc Sở NN-PTNT tỉnh Kon Tum. Chi cục là đơn vị hành chính, giúp Giám đốc Sở tham mưu UBND tỉnh thực hiện chức năng quản lý nhà nước chuyên ngành và tổ chức thực thi pháp luật về chăn nuôi, thú y trên địa bàn tỉnh; thực hiện nhiệm vụ theo quy định tại Điều 2 Thông tư số 15/2015/TT-BNNPTNT ngày 26/3/2015 của Bộ trưởng Bộ NN-PTNT.
Tại Quyết định số 421/QĐ-UBND ngày 19/8/2016 của Chủ tịch UBND tỉnh: Tổ chức lại Chi cục Phát triển nông thôn trực thuộc Sở NN-PTNT tỉnh Kon Tum. Chi cục là tổ chức hành chính trực thuộc Sở, giúp Giám đốc Sở tham mưu cho UBND tỉnh thực hiện chức năng quản lý nhà nước chuyên ngành và tổ chức thực thi pháp luật về kinh tế hợp tác trong nông nghiệp; kinh tế trang trại; kinh tế hộ; quy hoạch và bố trí, ổn định dân cư, di dân tái định cư; phát triển nông thôn; an sinh xã hội nông thôn; đào tạo nghề nông nghiệp cho lao động nông thôn; cơ điện nông nghiệp và phát triển ngành nghề nông thôn. Chi cục thực hiện nhiệm vụ theo quy định tại Điều 6 Thông tư số 15/2015/TT-BNNPTNT ngày 26/3/2015 của Bộ trưởng Bộ NN-PTNT.
Tại Quyết định số 422/QĐ-UBND ngày 19/8/2016 của Chủ tịch UBND tỉnh: Tổ chức lại Chi cục Quản lý chất lượng Nông lâm sản và Thủy sản trực thuộc Sở NN-PTNT tỉnh Kon Tum. Chi cục là tổ chức hành chính trực thuộc Sở, giúp Giám đốc Sở tham mưu cho UBND tỉnh thực hiện chức năng quản lý nhà nước chuyên ngành và tổ chức thực thi pháp luật về chất lượng, an toàn thực phẩm trong suốt quá trình sản xuất, thu gom, sơ chế, chế biến, bảo quản, vận chuyển, kinh doanh; chế biến, thương mại nông, lâm, thủy sản và muối trên địa bàn tỉnh. Chi cục thực hiện nhiệm vụ theo quy định tại Điều 7 Thông tư số 15/2015/TT-BNNPTNT ngày 26/3/2015 của Bộ trưởng Bộ NN-PTNT.
Tại Quyết định số 423/QĐ-UBND ngày 19/8/2016 của Chủ tịch UBND tỉnh: Thành lập Chi cục Thủy lợi trên cơ sở tổ chức lại Chi cục Thủy lợi và Phòng, chống lụt, bão trực thuộc Sở NN-PTNT tỉnh Kon Tum. Chi cục là tổ chức hành chính trực thuộc Sở, giúp Giám đốc Sở thực hiện chức năng quản lý nhà nước chuyên ngành và tổ chức thực thi pháp luật về thủy lợi, đê điều và phòng, chống lụt, bão, thiên tai, nước sạch nông thôn theo quy định của pháp luật; Chi cục thực hiện nhiệm vụ theo quy định tại Điều 5 Thông tư số 15/2015/TT-BNNPTNT ngày 26/3/2015 của Bộ trưởng Bộ NN-PTNT.
Tại Quyết định số 424/QĐ-UBND ngày 19/8/2016 của Chủ tịch UBND tỉnh: Thành lập Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật trên cơ sở tổ chức lại Chi cục Bảo vệ thực vật. Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật là tổ chức hành chính giúp Giám đốc Sở tham mưu UBND tỉnh thực hiện chức năng quản lý nhà nước chuyên ngành và tổ chức thực thi pháp luật về sản xuất trồng trọt, giống cây trồng nông nghiệp, sử dụng đất để sản xuất nông nghiệp, phân bón, bảo vệ thực vật, kiểm dịch thực vật nội địa, thuốc bảo vệ thực vật, khử trùng và quản lý dịch vụ công thuộc phạm vi lĩnh vực được giao trên địa bàn tỉnh. Chi cục thực hiện theo quy định tại Điều 1 Thông tư số 15/2015/TT-BNNPTNT ngày 26/3/2015 của Bộ trưởng Bộ NNPTNT.
Trước đó, tại Quyết định số 254/QĐ-UBND ngày 18/5/2016 của Chủ tịch UBND tỉnh: Tổ chức lại Chi cục Kiểm lâm trực thuộc Sở NN-PTNT tỉnh Kon Tum trên cơ sở sáp nhập Chi cục Lâm nghiệp về Chi cục Kiểm lâm và chuyển giao Hạt Kiểm lâm rừng phòng hộ Thạch Nham (trực thuộc Ban quản lý rừng phòng hộ Thạch Nham), Hạt Kiểm lâm rừng phòng hộ Tu Mơ Rông (trực thuộc Ban quản lý rừng phòng hộ Tu Mơ Rông) về trực thuộc Chi cục Kiểm lâm tỉnh. Chi cục là tổ chức hành chính trực thuộc Sở, giúp Giám đốc Sở tham mưu UBND tỉnh thực hiện chức năng quản lý nhà nước chuyên ngành và tổ chức thực thi pháp luật về bảo vệ và phát triển rừng trên địa bàn tỉnh; thực hiện nhiệm vụ theo quy định tại Điều 3 Thông tư số 15/2015/TT-BNNPTNT ngày 26/3/2015 của Bộ trưởng Bộ NN-PTNT.