Theo đó, Sở Y tế là cơ quan chuyên môn thuộc UBND tỉnh có chức năng tham mưu, giúp UBND quản lý nhà nước về y tế, bao gồm: Y tế dự phòng; khám bệnh, chữa bệnh; phục hồi chức năng; giám định y khoa, pháp y, pháp y tâm thần; y dược cổ truyền; trang thiết bị y tế; dược; mỹ phẩm; an toàn thực phẩm; bảo hiểm y tế; dân số - kế hoạch hóa gia đình; sức khỏe sinh sản và công tác y tế khác trên địa bàn tỉnh theo quy định của pháp luật. Sở có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng; chịu sự chỉ đạo, quản lý về tổ chức, biên chế và hoạt động của UBND tỉnh, đồng thời chịu sự chỉ đạo, hướng dẫn, thanh tra, kiểm tra về chuyên môn, nghiệp vụ của Bộ Y tế.
Sở Y tế thực hiện nhiệm vụ và quyền hạn theo quy định tại Điều 2 Thông tư liên tịch số 51/2015/TTLT-BYT-BNV ngày 11/12/2015 của Bộ trưởng Bộ Y tế và Bộ trưởng Bộ Nội vụ.
Về cơ cấu tổ chức, biên chế, Sở Y tế có lãnh đạo Sở gồm Giám đốc và không quá 03 Phó Giám đốc; 07 tổ chức tham mưu tổng hợp và chuyên môn nghiệp vụ (Văn phòng, Thanh tra, Phòng Tổ chức cán bộ, Phòng Nghiệp vụ Y, Phòng Nghiệp vụ Dược, Phòng Kế hoạch - Tài chính và Phòng Quản lý hành nghề y dược tư nhân); 02 Chi cục trực thuộc (Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm và Chi cục Dân số - Kế hoạch hóa gia đình) và 19 đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc (trước mắt, về lĩnh vực y tế dự phòng, chuyên ngành, khi chưa có quy định của Trung ương về mô hình Trung tâm Kiểm soát bệnh tật ở tuyến tỉnh, tiếp tục duy trì tổ chức và hoạt động của các Trung tâm như hiện nay), ngoài ra, Sở Y tế còn có các Bệnh viện chuyên khoa tuyến tỉnh và Bệnh viện Đa khoa tuyến huyện (sẽ thành lập khi có nhu cầu và đủ điều kiện theo quy định). Biên chế công chức và số lượng người làm việc trong các đơn vị sự nghiệp công lập của Sở được giao trên cơ sở vị trí việc làm gắn với chức năng, nhiệm vụ, phạm vi hoạt động và nằm trong tổng biên chế công chức trong các cơ quan, tổ chức hành chính, số lượng người làm việc trong các đơn vị sự nghiệp công lập của tỉnh, được cấp có thẩm quyền giao hoặc phê duyệt
Quyết định còn quy định việc thành lập, chia tách, sáp nhập, giải thể các cơ quan, đơn vị thuộc và trực thuộc; việc bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, miễn nhiệm, điều động, luân chuyển; tuyển dụng, sử dụng, quản lý công chức, viên chức của Sở Y tế; nhiệm vụ, quyền hạn của Giám đốc và các Phó Giám đốc; chế làm làm việc và mối quan hệ công tác...
Quyết định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 26/10/2016 và thay thế Quyết định số 26/2008/QĐ-UBND ngày 16/6/2008 của UBND tỉnh Kon Tum.